I 2015 var 12.679 naturarealer i Hjørring Kommune beskyttet efter § 3 i Naturbeskyttelsesloven. Det er mere end i nogen anden kommune i Danmark. Det store antal hænger sammen med landskabet. De mange ådale med stejle skrænter har udbredte mose- og engområder med overdrev på skråningerne, ligesom det kuperede terræn med stejle morænebakker har skabt en mosaik af små naturområder. Derimod har Hjørring Kommune ikke store hedeområder og slet ingen strandenge.

Hjørring Kommune har i alt 1.501 km der er omfattet af vandløbsloven, der omfatter både vandløb og grøfter. De er fordelt på 25 større vandløbssystemer, der afvander til tre marine recipienter: Nordsøen (Jammerbugt og Tannis Bugt), Kattegat (Ålbæk Bugt og Ålborg Bugt) og Limfjorden. De to absolut største vandsystemer er Liver Å, der har en samlet længde på 242 km og afvander til Jammerbugt og Uggerby Å, der har en samlet længde på 330 km og afvander til Tannis Bugt.

Der var fredskovspligt på 7.183 ha skov i 2015. De større skove i Hjørring Kommune er statsskove, hvoraf Tversted Plantage med 813 ha er den største. Dernæst følger de større private skove hvoraf Tolne Skov er den største på 665 ha. Tversted Kommuneplantage er med 50 ha den største kommunalt ejede skov. Ellers er de fredskovspligtige arealer spredt ud på meget små områder. I en analyse på kommunens digitale kort var der registreret 726 områder med fredsskov i starten af 2016.

Kommunens egne skove er PEFC certificerede, og formålet med skovene er, at de udvikles til skove med et højt naturindhold. Derudover skal de udnyttes bæredygtigt i relation til både rekreative, naturmæssige og økonomiske muligheder.

Tre større bynære skovrejsningsprojekter ved Sindal, Hjørring og Løkken forventes realiseret i 2016. De nye skove bliver etableret i samarbejde mellem kommunen og Naturstyrelsen. Det er erstatningsskov for fredsskov ryddet ved byggeri af bl.a. veje, jernbaner og vindmøller.

Kommunen har 76 fredninger, som i alt dækker et areal på 2168 ha. Mange af de små fredninger er kirkebeskyttelseszoner, mens resten hovedsageligt er naturområder. De ældre fredninger er ofte landskabsfredninger eller fredninger, der forhindrer etablering af nye sommerhusområder. Derimod er de nyere fredninger typisk bestemte naturtyper med særlige plejehensyn. Det gælder eksempelvis gamle løvskove, der skal udlægges som urørt skov, eller rigkær, der skal have en bestemt pleje.

Flere fredninger er også omfattet af EU’s naturbeskyttelsesdirektiv. Der er seks landbaserede Natura 2000-områder i Hjørring Kommune samt tre marine Natura 2000-områder i havet ud for kommunen.
De seks landbaserede Natura 2000-områder er alle EF-habitatområder og dækker et areal på 1713 ha.
Udpegningsgrundlaget for Natura 2000-områderne er både arter og naturtyper. Den vigtigste art for udpegningerne i Hjørring Kommune er orkideen mygblomst. For de tre kystnære natura 2000 områder, er de vigtigste naturtyper kystklint, hvid klit, grå/grøn klit (grønsværklit), kystklitter med havtorn, fugtige klitlavninger, kildevæld, rigkær og tidvis våd eng. For de to natura 2000 områder i bakkelandet er det især surt overdrev og bøg på mor, der er de vigtigste naturtyper.

Nogle af parkerne i Hjørring minder om oprindelig skov, og fx Christiansgave er næsten 200 år gammel. Naturværdien er knyttet til de gamle træer. Flere af parkerne har også stor kulturhistorisk og rekreativ værdi. Derudover er der mange værdifulde enkeltstående træer, der er beskrevet i træregistranten for Hjørring i 1976. Denne registrant påtænkes opdateret og udvidet til hele kommunen.